I danni alle casse dello Stato derivanti dal mancato raggiungimento delle percentuali minime di raccolta differenziata e l'attività di Consorzi di bonifica sono al centro dei rilievi contenuti nella relazione della procura regionale della Corte dei Conti sulla vicenda rifiuti. La magistratura contabile campana ha passato al setaccio 15 anni di gestione commissariale accertando "un impressionante dispendio di soldi".

Tra le numerose citazioni in giudizio a carico dei comuni spiccano quella ai danni del comune di Giugliano per un danno patrimoniale di circa 7 milioni e mezzo di euro e nei confronti dei comuni di Benevento e Marcianise (ognuno per 500 mila euro). Altro versante che ha interessato l'azione della procura è rappresentato dall'attività svolta dai Consorzi di bonifica. In particolare sono segnalate due citazioni per il Consorzio di bacino Napoli 2 riguardanti, la prima, il mancato raggiungimento degli obiettivi di raccolta differenziata per un danno complessivo patrimoniale e di immagine di circa 2 milioni e 300 mila euro; la seconda, per la mancata utilizzazione del personale Lsu per un complessivo danno di oltre 3 milioni e 700 mila euro.

Quanto al Consorzio di bacino Napoli 5 la Corte ha proceduto a depositare un atto di citazione per il mancato raggiungimento degli obiettivi di raccolta differenziata di carta e cartone da utenze non domestiche (anni 2003-2007) per un danno complessivo di oltre 5 milioni.