Nel marzo 2009 un ex operaio della ditta che gestiva le fasi di post-gestione dell'impianto di discarica di Conversano, con una ruspa ha cominciato a scavare in un fondo poco distante dalla discarica portando alla luce rifiuti (speciali e pericolosi) sepolti nel terreno ormai da parecchi anni.
Le indagini della magistratura in questi giorni hanno evidenziato una Gomorra pugliese. Le acque di percolato della discarica anziché essere depurate come rifiuto pericoloso presso i relativi impianti di depurazione, mediante un sistema di condutture appositamente congegnato, venivano reimpiegate come acque di irrigazione allo scopo di innaffiare uva da tavola e ciliegie nei fondi adiacenti alla discarica. In questo modo si risparmiavano i costi di depurazione del percolato.
Oggi la discarica è oggetto di sequestro da parte della magistratura e ciò determina delle criticità alla Regione Puglia poichè deve garantire il servizio pubblico di gestione dei rifiuti. Con una ordinanza regionale, perciò, i 21 comuni del sud est barese dovranno conferire per diversi mesi i propri rifiuti "biostabilizzati" presso la vicina discarica di Brindisi, quale materiale di copertura.

Riguardo agli sversamenti di percolato della vecchia discarica e alle immagini realizzate dal Nucleo Operativo Ecologico, il Presidente della Regione Puglia Nichi Vendola e l'Assessore alla Qualità dell'Ambiente Lorenzo Nicastro hanno dichiarato: «Sono immagini impressionanti e minacciose che dimostrano, al di là di ogni dubbio, come sia stato realizzato un vero e proprio attentato ai danni della salute dei cittadini. Apprezziamo molto il paziente lavoro della Magistratura, grazie al quale sta venendo alla luce, in tutta la sua drammaticità, questa storia di inquinamento e di avvelenamento dei terreni».

Riguardo alle attività di servizio pubblico della Regione
«Dato il tema e le ripercussioni che può avere sull'intero sistema di gestione dei rifiuti della nostra regione, è necessario fare alcune precisazioni sulla vicenda che riguarda l'impianto di Conversano rispetto ad alcune notizie di stampa. In primo luogo vi sono due situazioni distinte nei provvedimenti della magistratura barese: la prima riguarda il vecchio lotto, la vecchia discarica Martucci che nel 2011 abbiamo provveduto a chiudere e la cui gestione post-mortem per legge non è competenza regionale ma di altri enti territoriali. Il secondo aspetto riguarda le vasche di servizio e soccorso del nuovo impianto per le quali risulterebbero irregolarità nella realizzazione e nella gestione».

«Sul nuovo impianto, occorre in primo luogo sottolineare che, al netto delle responsabilità penali di ciascuno, quello che alla Regione Puglia interessa è di poter utilizzare in sicurezza un impianto realizzato per le esigenze del territorio. E' del tutto evidente – proseguono Vendola e Nicastro - che in questa prospettiva da un lato ci muoveremo per tutelare l'investimento in termini di pianificazione dei flussi che la Regione ha fatto rispetto all'impianto complesso di Conversano e, dall'altro, dovremo necessariamente lavorare a scongiurare il sopraggiungere di emergenza. Per tutti gli aspetti che esulano dalle competenze regionali di continuità dei servizi e di sicurezza ed efficienza degli impianti pianificati, la magistratura saprà efficacemente far piena chiarezza e ciascuno risponderà del proprio operato. Alla Regione invece il compito di gestire la fase operativa, di assicurare i servizi evitando, soprattutto con l'arrivo dell'estate e della stagione turistica, qualunque criticità».